Saskaņā ar Latvijas Ģenerālprokuratūras un tiesu materiāliem V.Kononovs vadīja grupu, kas 1944.gada 27.maijā veica uzbrukumu Mazo Batu sādžai Ludzas rajonā, kura laikā gāja bojā pieci vīrieši un divas sievietes.
Okupācijas muzeja vēsturnieks Ritvars Jansons stāsta, ka vēsturnieki no tiesas sprieduma sagaida vairākas atbildes. V.Kononova aizstāvji norāda, ka šī lieta bija jāiztiesā līdz 1954.gadam un lietā iestājies noilgums.
"Tajā laikā Latvija bija okupēta. Tikai 1991.maijā Latvija pievienojās starptautiskajām konvencijām, kas saistītas ar noziegumiem pret cilvēci. Mēs gaidām no ECT atzinumu arī par šo jautājumu – vai notiesāšana bija iespējama okupācijas apstākļos. Latvijas viedoklis – nevarēja šo noziegumu iztiesāt."
Otrs strīdīgs jautājums esot par ECT 2008.gada paziņojumu, ka sabiedroto pusē karojošos nevar tiesāt. "Pēc starptautiskajām konvencijām par kara noziegumiem cilvēki ir tiesājami, nesaskatoties uz to, kurā pusē viņi ir karojuši."
Vēsturnieks atzīst, ka izvirzīsies arī jautājumus, vai Kononovs ir bijis militārpersona un vai civiliedzīvotāji nav bijuši militārpersonas.
"Nav pierādījumu par civiliedzīvotāju piedalīšanos kādā nacistu formējumā. Ir tikai uz atmiņām balstītas liecības, ka vācieši izdalījuši ieročus pašaizsardzībai. Cilvēku nogalināšana notika mierīgos apstākļos, Vasarsvētkos. Nav lietā pierādījumu, ka šie cilvēki apdraudēja diversantus."
"Līdz ar to, Latvija gaida spriedumu jautājumos par okupāciju, jo Mazajos Batos bija divas okupācijas varas – nacisti un diversantu grupa. Nevar teikt, ka Mazajiem Batu iedzīvotājiem būtu jāpieslienas kādai no šim svešajām okupantu varām. Uz šiem juridiskajiem jautājumiem mēs gaidām atbildi," saka Okupācijas muzeja vēsturnieks videokomentārā, kas ievietots muzeja mājas lapā.
Jau ziņots, ka Kononovs tika arestēts 1998.gadā un atradās apcietinājumā līdz 2000.gadam, kad notiesāts, piespriežot pusotru gadu ilgu cietumsodu. Pēc sprieduma pasludināšanas viņš atbrīvots, jo piespriesto soda termiņu bija jau izcietis pirmstiesas apcietinājuma laikā. Pēc atbrīvošanas Kononovs pieņēma Krievijas pilsonību.
2001.gadā Latvijas tiesa, atkārtoti izskatot Kononova lietu, atzina viņu par vainīgu kara noziegumos un piesprieda sešus gadus cietumā. Kononovs spriedumu pārsūdzēja, un lieta nosūtīta prokuratūrai papildu izmeklēšanai, viņu pašu atbrīvojot no ieslodzījuma saistībā ar slikto veselību.
2003.gadā Latgales apgabaltiesa Kononovam izvirzīto apsūdzību pārkvalificēja, atzīstot viņu par vainīgu bandītismā un atbrīvojot no piespriestā soda izciešanas saistībā ar noilguma iestāšanos.
Spriedumu pārsūdzēja prokurors, un Latvijas Augstākās tiesas Krimināllietu kolēģija atzina viņu par vainīgu kara noziegumos, piespriežot gadu un astoņus mēnešus ilgu cietumsodu. Izskatot Kononova lietu kasācijas kārtībā, Augstākās tiesas Senāts 2004.gada 28.septembrī spriedumu atstāja negrozītu.