Kā ziņots, 2001.gada decembrī Organizētās noziedzības un citu nozaru specializētās prokuratūras prokurors cēla apsūdzību pret bijušajiem VNĪA valdes locekļiem - Andi Zalpēteru, Voldemāru Sprūžu, Andri Priedīti, Ervīnu Ceihneru un Māri Tekocēlu -, kā arī Jāni Motti. Prokuratūra lietu tiesai nodeva 2004.gada sākumā. Apsūdzībā toreiz bija norādītas 173 nelikumīgu dzīvokļu piešķiršanas gadījumu epizodes. Lietas izskatīšanā prokurors Aleksandrs Stepanovs atteicās no 72 epizodēm un no apsūdzības daļas par zaudējumu nodarīšanu valstij. Lietas izmeklēšana ilga vairākus gadus.
Apsūdzības raksts lietā liecināja, ka ar Mottes gādību valsts dzīvokļu īres tiesības saņēma bijušais Saeimas priekšsēdētājs Jānis Straume (TB/LNNK), bijušais vides ministrs Vents Balodis (TB/LNNK), VNĪA valdes locekļi un tagad apsūdzētie Teko un Zalpēteris, kā arī komponists Raimonds Pauls (TP) un citi. Dzīvokļi ar VNĪA valdes lēmumu izīrēti Rīgā, Liepājā, Jūrmalā, Jelgavā un Daugavpilī. Gan Rīgas Centra rajona tiesa, gan Rīgas apgabaltiesa pieņēma apsūdzētajiem attaisnojošu spriedumu šajā lietā.
Kā norādīja tieslietu ministra Jāņa Bordāna (VL-TB/LNNK) preses sekretāre Līga Ādamsone, TM 2011.gada maijā sniedza paskaidrojumus lietā, norādot, ka ministrija konkrēto prasību neatzīst. Tāpat, kā paskaidroja Ādamsone, vienošanās ar Motti nav plānota, kā arī cita kompensācijas summa nav piedāvāta. Likums "Par izziņas iestādes, prokuratūras vai tiesas nelikumīgas vai nepamatotas rīcības rezultātā nodarīto zaudējumu atlīdzināšanu" neparedz TM pilnvaras lemt par morālā kaitējuma apmēru, tajā skaitā vienojoties ar personu.
Morālā kaitējuma fakta esamību konstatē un tā apmēru nosaka tiesa civilprasības kārtībā. Citus komentārus TM pagaidām nesniedza.