Hjūzs trenera karjeru sāka 1999. gadā, kļūstot par Velsas izlases vadītāju. 2004. gadā viņš pārgāja uz premjerlīgas klubu Blackburn, kuru sekmīgi vadīja četras sezonas.
Jau iepriekš ziņots, ka Manchester City par Hjūzu un viņa palīgiem samaksāja Blekburnas komandai piecus miljonus mārciņu. Par velsieti interesējās arī Londonas Chelsea.