Zēdorfs ir aizvadījis 87 spēles valstsvienībā. Uz diviem ar pusi gadiem izslēgts no izlases, viņš tajā atgriezās, taču izgāja laukumā tikai piecās no desmit spēlēm.
Zēdorfs savu pirmo lielo turnīru Nīderlandes izlases rindās aizvadīja 1996.gadā Eiropas čempionāta finālturnīrā. Viņš arī bija izlases rindās, kad tā sekmīgi startēja 1998.gada Pasaules kausa izcīņas finālturnīrā, kā arī 2000. un 2004.gada Eiropas čempionātos.