1993.gadā Valda Birkava valdībā viņš ieņem Valsts īpašuma valsts ministra amatu. Turpmākos gadus viņš darbojās banku privatizācijas komisijās, kā arī ieņēma amatus vairākās bankās. 1994.gadā E.Krastiņš kļuva par Privatizācijas aģentūras locekli. ’90.gados viņš bija valsts prezidenta ārštata padomnieks.
1996.gadā Krastiņš kļūst par premjera Andra Šķēles padomnieku finanšu jautājumos, bet dažus gadus vēlāk E.Krastiņš ieņēma finanšu ministra posteni. 2000.gadā Krastiņš kļūst par premjera Aigara Kalvīša padomnieku.
2001. gadā E.Krastiņš kļūst par Rīgas domnieku. Gadu vēlāk viņš iekļūst partijas valdē. Tautas partija savulaik minējusi E.Krastiņu kā iespējamo Rīgas mēra kandidātu.
Pēdējos gadus E.Krastiņš ir bijis padomnieks ekonomikas jautājumos ārlietu ministram Artim Pabrikam, kā arī premjeram Aigaram Kalvītim.
2005. gadā E.Krastiņš tika ievēlēts Rīgas domes Pilsētas attīstības komitejas priekšsēdētāja amatā.