Bosnijas kara laikā no 1992. līdz 1995.gadam R.Karadžičs bija Bosnijas Serbu republikas prezidents. Kara laikā serbu vienības vairākus gadus turēja aplenkumā Bosnijas galvaspilsētu Sarajevu, bet 1995.gada vasarā Srebrenicas apkaimē pastrādāja lielāko slaktiņu Eiropā kopš Otrā pasaules kara, nogalinot ap 8000 musulmaņu vīriešu un zēnu.
R.Karadžičs apšaubījis Srebrenicā apbedīto upuru skaitu un izteicis pieņēmumu, ka līķi atvesti no citām vietām. Viņš arī apgalvo, ka aplenkuma laikā Sarajevu apšaudīja nevis Bosnijas serbu vienības, bet gan paši Bosnijas musulmaņi un horvāti. Tas esot darīts, lai panāktu NATO spēku iesaistīšanos karā pret Bosnijas serbiem.
R.Karadžiča apgalvojumi izraisījuši Bosnijas kara upuru tuvinieku sašutumu. «Viņam vajadzētu piešķirt Nobela prēmiju melošanā,» aģentūrai Reuters stāsta organizācijas Srebrenicas mātes pārstāve Sabra Koļenoviča.
R.Karadžičs ir apsūdzēts kara noziegumos, genocīdā un noziegumos pret cilvēci. Par šiem noziegumiem viņam draud mūža ieslodzījums.