Afridi tika aizturēts neilgi pēc ASV operācijas Pakistānas pilsētā Abotabadā, kuras gaitā tika nogalināts bin Ladens. Pakistāna uzskata šo operāciju par savas suverenitātes pārkāpumu.
Ārsts tiek apsūdzēts par to, ka vadījis CIP atbalstītu viltus vakcinācijas programmu Abotabadā, lai iegūtu bin Ladena ģimenes locekļu DNS paraugus.
Pēc bin Ladena nogalināšanas tika izveidota Pakistānas valdības komisija bijušā Augstākās tiesas tiesneša vadībā, lai izmeklētu, kā ASV armijai izdevās nemanītai veikt šo operāciju dziļi Pakistānas iekšienē un kā bin Ladens gadiem ilgi slēpies Abotabadā.
Pēc Afridi nopratināšanas komisija nolēma kvalificēt viņa rīcību kā sazvērestību pret Pakistānu un valsts nodevību. ASV tikmēr uzskata, ka Afridi ir jāatbrīvo un jādod iespēja aizbraukt uz pastāvīgu dzīvi ASV.
CIP sāka darboties Abotabadā pēc tam, kad bija tur izsekojuši bin Ladena aģentu. Viltus vakcinācija tika uzsākta trūcīgākajos pilsētas rajonos, lai tā izskatītos ticama.
Vēl nav zināms, vai CIP izdevās iegūt bin Ladena ģimenes locekļu DNS paraugus.
Operācijas gaitā ASV bruņoto spēku specvienība nogalināja bin Ladenu un sagūstīja trīs viņa sievas un divas viņa meitas, no kurām ieguva svarīgas ziņas par bin Ladena darbību.