Lietuva piekritusi izvietot savā teritorijā CIP slepeno cietumu pēc tam, kad 2002.gadā Lietuvā viesojies ASV prezidents Džordžs V.Bušs, kurš apsolījis amerikāņu atbalstu Lietuvas vēlmei pievienoties NATO. Kā liecina ABC rīcībā esošā informācija, cietums darbojies no 2004. līdz 2005.gadam. Tajā bija ieslodzīti līdz pat astoņi Al Qaeda kaujinieki, kas slepus atvesti no citām valstīm. Slepenais cietums bijis izvietots pārveidotā jāšanas sporta bāzē Viļņas apkaimē.
Seima izmeklēšanā secināts, ka par sadarbību ar CIP zināja Lietuvas drošības dienestu vadība, bet ne valsts augstākās amatpersonas. Lidmašīnas, kas vedušas CIP gūstekņus, nepārbaudīja ne Lietuvas muita, ne robežsardze.