Putnu uzskaites pasākumi Rīgas ostā ikgadēji tiek īstenoti trīs teritorijās – Mīlestības saliņā, Krēmeros un Žurku salā. Krēmeri un Mīlestības saliņa ir aizsargājamās teritorijas, turklāt Mīlestības saliņa ir daļa no Natura 2000 iekļautā dabas parka Piejūra. Ornitologu ziņojumā norādīts - visās trīs teritorijās negatīvas biotopu izmaiņas, kuras būtu saistāmas ar ostas saimniecisko darbību, nav novērotas.
Netālu no Rīnūžiem esošajā Žurku salā, kura 2018. gadā tika attīrīta no krūmiem, ievērojami uzlabojot ūdensputnu ligzdošanas apstākļus, šobrīd vērojama plaša putnu daudzveidība. Te ornitologi saskaitījuši vairāk nekā 400 putnu ligzdas, to starpā pārsvarā sudrabkaiju, meža pīļu, pelēko pīļu, upes zīriņu, kā arī jūrasžagatu ligzdas. Ir pamats uzskatīt, ka ligzdu skaits vēl palielināsies, kad salā parādīsies vēlu ligzdojošās pelēkās pīles. Žurku sala ir nozīmīga ar to, ka te ir ļoti liela sudrabkaiju kolonija. Ņemot vērā, ka sudrabkaijas aktīvi aizsargā savas ligzdas no dažādiem plēsējiem, šo vietu ligzdošanai labprāt iecienījušas arī pīles. "Šeit vispār ir ļoti jauka vietiņa, kur putniem ligzdot," dzīves apstākļus Žurku salā raksturo ornitoloģe Māra Janaus.
Mīlestības saliņā nav konstatētas būtiskas biotopu izmaiņas. Savukārt Krēmeros pēc 2018. gadā veiktajiem labvēlīgajiem biotopu pārveidojumiem atkal notiek intensīva krastu aizaugšana, kas pasliktina ūdensputnu ligzdošanas apstākļus. Tomēr ornitologi norāda, ka lielāku kaitējumu ligzdojošajiem ūdensputniem nodara plēsīgie zīdītāji, kuri izposta putnu ligzdas. Kā vēl viens vides kvalitātes apliecinājums dabas parku teritorijās ir apstāklis, ka Mīlestības saliņu par savu mājvietu īsi pirms riesta laika jūlija un augusta mēnešos ir izvēlējušās arī stirnas.
Rīgas brīvostas pārvalde saskaņā ar ornitologu un citu vides speciālistu ieteikumiem regulāri īsteno virkni pasākumu, kuru mērķis ir saglabāt un uzturēt aizsargājamos biotopus, kā arī veic citus ikdienas darbus, lai nodrošinātu kārtību un vides aizsardzību citos dabas objektos Rīgas ostas teritorijā. Regulāri tiek kontrolēts, lai zaļajās zonās nenonāktu atkritumi un tās neaizaugtu ar niedrājiem un krūmiem. Rīgas brīvostas pārvalde Mīlestības saliņā ir izbūvējusi arī 12 metrus augstu putnu vērošanas torni, no kura labi pārskatāma sala un tai piegulošās teritorijas, kas ir iecienīta putnu ligzdošanas un uzturēšanās vieta.