Apsūdzība pagājušā gada decembra vidū Muižniecei uzrādīta par to, ka viņa, būdama valsts amatpersona - Saeimas deputāte, vienlaikus arī Juridiskās komisijas priekšsēdētāja -, viltojusi dokumentu - Saeimas Juridiskās komisijas 2009.gada 1.septembra sēdes protokolu.
Muižniece tiek apsūdzēta pēc Krimināllikuma 327.panta 1.daļas - par dokumenta viltošanu vai par apzinātu viltota dokumenta izsniegšanu vai izmantošanu, ja to izdarījusi valsts amatpersona. Par šādu noziedzīgu nodarījumu var sodīt ar arestu vai ar piespiedu darbu, vai ar naudas sodu līdz 20 minimālajām mēnešalgām (4000 latu).
Prokuratūra norāda, ka neviena persona netiek uzskatīta par vainīgu, kamēr tās vaina noziedzīga nodarījuma izdarīšanā netiek konstatēta Kriminālprocesa likumā noteiktajā kārtībā.
Jāatgādina, ka prokuratūra jau oktobra sākumā lūdza izdot kriminālvajāšanai Muižnieci. Tad par šo jautājumu lēma ST, kas piekrita Ģenerālprokuratūras ierosinājumam, tomēr prokuratūra vēl uzskatīja, ka nepieciešams Saeimas akcepts šajā jautājumā. Savukārt Saeima 3.novembrī apstiprināja Juridiskās komisijas sagatavoto lēmumu par to, ka lieta par piekrišanas došanu kriminālvajāšanas sākšanai pret Muižnieci pēc būtības nav apspriežama Saeimā.
Ģenerālprokuratūra gaidīja Saeimas atbildi, un novembra otrajā pusē parlamentā pieņemtā pozīcija tika atspoguļota "Latvijas Vēstnesī", līdz ar to prokuroram tagad ir pilnas tiesības lemt par apsūdzības uzrādīšanu Muižniecei. Saeimas lēmumā teikts: "Saeima, izskatījusi Ģenerālprokuratūras Krimināltiesiskā departamenta Sevišķi svarīgu lietu izmeklēšanas nodaļas prokurores Ilzes Gailītes ierosinājumu apspriest jautājumu par piekrišanas došanu kriminālvajāšanas uzsākšanai pret Latvijas Republikas Satversmes tiesas tiesnesi Vinetu Muižnieci un Latvijas Republikas Satversmes tiesas 2011.gada 10.oktobra lēmumu par piekrišanu kriminālvajāšanas uzsākšanai pret Satversmes tiesas tiesnesi Vinetu Muižnieci, saskaņā ar Saeimas kārtības ruļļa 135.pantu nolemj: atzīt, ka attiecīgā lieta pēc būtības nav apspriežama Saeimā."
Pēc Juridiskās komisijas priekšsēdētājas vietnieces Ineses Lībiņas-Egneres (ZRP) teiktā, šāds Saeimas lēmums ir nepieciešamas kā atbilde uz Ģenerālprokuratūras vēstuli Saeimai, jo "Saeima - tie ir 100 deputāti, nevis Juridiskā komisija".
Jāatgādina, ka ST nolēma pēc Ģenerālprokuratūras ierosinājuma dot piekrišanu kriminālvajāšanas sākšanai pret Muižnieci, kuras pilnvaras patlaban apturētas.
Kriminālprocesu pret Muižnieci pērn 1.jūnijā sāka ģenerālprokurors Ēriks Kalnmeiers. Kriminālprocess pret Muižnieci tika sākts pēc Krimināllikuma 327.panta 1.daļas - par dokumenta viltošanu vai par apzinātu viltota dokumenta izsniegšanu vai izmantošanu, ja to izdarījusi valsts amatpersona. Par šādu noziedzīgu nodarījumu var sodīt ar arestu vai ar piespiedu darbu, vai ar naudas sodu līdz 20 minimālajām mēnešalgām (4000 latu).
Kriminālprocess tika sākts, pabeidzot resorisko pārbaudi, kas tika ierosināta pēc tam, kad Ģenerālprokuratūrā tika saņemts 10.Saeimas Korupcijas novēršanas apakškomisijas priekšsēdētāja Alekseja Loskutova (V) iesniegums par iespējamu Saeimas Juridiskās komisijas 2009.gada 1.septembra sēdes protokola viltojumu.
Kā skaidroja Loskutovs, gadījums saistīts ar 2009.gada 1.septembra Juridiskās komisijas sēdi. Tās audioieraksts liecina, ka deputāti minētos Krimināllikuma grozījumus nolēmuši virzīt izskatīšanai pirmajā lasījumā, savukārt protokolā norādīts, ka likumprojektu nepieciešams pilnveidot. Līdz ar to likumprojekta tālāka virzīšana nobremzēta. Pēc deputāta teiktā, Juridiskās komisijas konsultantes atzinušas, ka Muižniece devusi norādījumus, ko rakstīt protokolā. Šo protokolu parakstījusi Muižniece un toreizējais Juridiskās komisijas sekretārs Dzintars Rasnačs (VL-TB/LNNK). Iepriekš Muižniece viņai izteiktos pārmetumus iespējamā komisijas sēdes protokola viltošanā noraidīja, nosaucot tos par politiskajām intrigām.