Sprādzienu sērija, kas nonāvēja gandrīz 300 cilvēku, joprojām ir ļoti sāpīgs temats Krievijā, kur par to netiek skaļi runāts. Krievijas valdība izmantoja šos terora aktus kā ieganstu, lai atsāktu Čečenijas karu un palīdzētu Vladimiram Putinam nostiprināties pie varas. V.Putina pretinieki ir pārliecināti, ka māju spridzināšanu patiesībā sarīkoja Krievijas specdienesti. Vairāki cilvēki, kas mēģināja izpētīt šo lietu, piemēram, bijušais specdienestu aģents Aleksandrs Ļitviņenko, miruši pāragrā nāvē.
Vaino čečenus
Katru gadu cilvēku bariņš pulcējas Gurjanova ielā Maskavas dienvidaustrumos, lai pieminētu tuviniekus, kas gāja bojā sprādzienā. Naktī no 8. uz 9.septembri deviņstāvu māju izpostīja spēcīgs sprādziens; zem ēkas gruvešiem palika vairāk nekā 100 cilvēku. Pilsētā tika pastiprināti drošības pasākumi, tomēr 13.septembrī citā Maskavas rajonā notika vēl viens sprādziens, kas nonāvēja 124 cilvēkus. Sprādzienu sērijas laikā tika sagrautas dzīvojamās mājas arī Krievijas dienvidu pilsētās Buinakskā un Volgodonskā. Toreizējais premjers V.Putins solīja vajāt teroristus pilnīgi visur; vajadzības gadījumā pat «noslaktēt atejā».
Lai sodītu terora aktu rīkošanā apsūdzētos čečenu separātistus, Krievija sāka otro Čečenijas karu un solīja ienaidnieku vajāt pat atejā. Tas veicināja Putina popularitātes pieaugumu, paverot bijušajam Federālā drošības dienesta (FDD) priekšniekam ceļu uz Krievijas prezidenta amatu.
Lai gan terora aktu rīkošanā tika apsūdzēti čečeni, pierādījumi viņu saistībai ar šo uzbrukumu netika atrasti. Pēc pāris gadiem tiesas priekšā stājās vairāki vīrieši no Karačajas-Čerkesijas apgabala, viņus atzina par vainīgiem tikai sprāgstvielu nosūtīšanā uz Maskavu. Par terora aktu organizētāju tika pasludināts kāds Ačimezs Gočijajevs, kurš esot rīkojies pēc Čečenijas separātistu līderu pavēles. Viņš tika izsludināts starptautiskā meklēšanā, bet nav noķerts.
Dīvainās «mācības»
Aizdomas par Krievijas specdienestu saistību ar sprādzieniem pastiprināja 1999.gada 22.septembrī Rjazaņā notikušais incidents, kur kādas daudzdzīvokļu mājas pagrabā tika atrasti maisi ar aizdomīgu pulveri. Varas iestādes sākotnēji paziņoja, ka atrastā viela ir heksogēns, kas izmantota arī citu māju spridzināšanā. Amatpersonas atzina, ka izdevies novērst kārtējo terora aktu. Tomēr drīz vien šī versija tika mainīta, un FDD paziņoja, ka Rjazaņā notikušas «mācības», kuru mērķis bija pārbaudīt pilsoņu modrību.
A.Ļitviņenko bija pārliecināts, ka šis paziņojums ir nekaunīgi meli, jo FDD darbinieki pieķerti pirms mājas uzspridzināšanas. Šo versiju viņš izklāstīja grāmatā FDD spridzina Krieviju, bet 2006.gadā tika noindēts trimdā Londonā. Aizdomas par specdienestu saistību ar sprādzieniem izteicis arī bijušais FDD darbinieks Mihails Trepaškins, kurš 2004.gadā tika notiesāts par «valsts noslēpumu izpaušanu». Pirms pāris gadiem M.Trepaškins tika atbrīvots no ieslodzījuma; viņš turpina pats saviem spēkiem izmeklēt šo lietu. «Man vienmēr šķitis, ka vainīgi ir tikai daži slikti cilvēki, nevis visa sistēma. Pat tad, kad sēdēju cietumā, es neticēju, ka aiz tā visa stāv Putins,» intervijā GQ stāsta M.Trepaškins, kurš atzinis savu «naivumu».