Ministrija uzsvēra, ka nav pierādījumu, ka 2012.gadā budžeta sagatavošanas procesā tika veikti konkrēti aprēķini, pamatojoties uz prognozēm par mainīgajiem lielumiem; audzēkņu skaitu katrā izglītības pakāpē, pedagoģisko likmju skaitu, padziļināto programmu skaitu un citiem. IZM norādīja, ka šā gada budžeta plānošanai netika nodrošināta pēctecība - atbildīgie darbinieki nebija veidojuši, tātad nebija nodrošinājuši savas darbības apliecinājumu ar dokumentētām lietām, kurās būtu pamatota lēmumu, t.sk. par iepriekšējo budžetu izstrādi, pieņemšanas procedūra. Prognožu aprēķini tika veikti tikai uz vispārējās pamata un vispārējās vidējās izglītības datu izmaiņām, neņemot vērā būtiskākās izmaiņas piecgadīgo un sešgadīgo bērnu skaitā, skaidroja IZM.
Dienesta pārbaudes komisija nekonstatēja tiešus pierādījumus kādas amatpersonas vainai un nekonstatēja objektīvu pamatu disciplinārlietas ierosināšanai, taču ieteica veikt būtiskus kontroles pasākumus mērķdotācijas plānošanas un sadales lēmumu pieņemšanas dokumentēšanā un pēctecības nodrošināšanā. Komisija tai skaitā ieteica precizēt amata aprakstus; veikt aprēķinus par katras izdevumu pozīcijas izmaiņām, kas paredz papildus finanšu līdzekļu izdevumus; pilnveidot datu par izglītojamo skaitu prognozēšanas procesu; uzlabot budžeta plānošanas procesu un noteikt atbildības sadalījumu par mērķdotācijas plānošanu un sadali.
Neilgi pēc tam, kad 2012.gadā tika uzsākti mērķdotācijas aprēķini, no amata bija atbrīvota IZM Nodrošinājuma un finanšu departamenta direktora vietniece finanšu jomā, tajā laikā ministrija jau strādāja bez valsts sekretāra, viņa pienākumus pildīja valsts sekretāra vietnieks, no darba bija aizgājuši arī vairāki citi darbinieki. Faktiski veselu mēnesi, mērķdotācijas aprēķinu laikā, IZM nebija nedz valsts sekretāra vietnieka - Nodrošinājuma un finanšu departamenta direktora, nedz Nodrošinājuma un finanšu departamenta direktora vietnieka finanšu jomā.
IZM informēja, ka turklāt bija notikusi vērienīga ministrijas strukturālā reorganizācija - izveidoti jauni departamenti, apvienojot vienā vairākus bijušos departamentus, deleģējot jaunajām struktūrvienībām citas funkcijas, mainot to vadītājus un citus darbiniekus. Šajā laikā vairākām jaunajām izveidotajām struktūrvienībām nebija vadītāju. Kopumā, 2012. un 2013.gadā darbu ministrijā pameta 73 darbinieki. Vienlaikus šajā periodā ministrijai tika uzdots veikt vairākas ar izglītības nozari, tai skaitā pedagogu darba samaksu, saistītas reformas.
Kā vēstīts, ieviešot dzīvē dienesta pārbaudes komisijas ieteikumus un izglītības un zinātnes ministra uzdevumā, šonedēļ ministrijā tiek veidota atsevišķa izglītības statistikas un budžeta plānošanas vienība, kura nodarbosies ar mērķdotāciju aprēķiniem un plānošanu.