Izmeklētāji stāsta, ka 46 gadus vecais J. Budanovs ap pusdienas laiku iznācis no kāda notāra biroja, kad viņam no mugurpuses ātrā solī piesteidzies vīrietis un no tuva attāluma iešāvis galvā, bet pēc tam aizbēdzis ar automašīnu, ko vadīja viņa līdzzinātājs. Pēc neilga laika daļēji izdegušais transportlīdzeklis tika atrasts netālu no slepkavības vietas. Automašīnā atrasta arī pistole, no kuras tikai izdarīts J. Budanovam liktenīgais šāviens, vēsta NEWSru. Pēc J. Budanova nāves izskanējusi versija, ka viņa slepkavību sarīkojuši čečeni, tādējādi atriebjoties par viņa pastrādātajām zvērībām. To noliedzis Norvēģijā dzīvojošais E. Kungajevas tēvs Visa, kurš apgalvo, ka tādā gadījumā atriebties vajadzēja viņam.
2000. gada 27. martā pulkvedis J. Budanovs ar bruņumašīnu ieradās Tangi Ču ciemā, sagūstīja 18 gadu veco E. Kungajevu un aizveda uz karaspēka daļu, kur viņu pratināja un pēc tam nožņaudza. Sākotnēji tika uzskatīts, ka viņš meiteni arī izvaroja, tomēr ekspertīzes šīs aizdomas neapstiprināja.
2003. gadā militārā tiesa J. Budanovu atzina par vainīgu E. Kungajevas nolaupīšanā un slepkavībā un piesprieda viņam 10 gadus cietumā. 2008. gadā tiesa apmierināja J. Budanova lūgumu atbrīvot viņu pirms termiņa, un 2009. gada janvārī viņš tika atbrīvots pēc astoņarpus gadiem cietumā.